home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00146 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.3 KB  |  52 lines
  1. *************************************************
  2. * Eukaryotic-type carbonic anhydrases signature *
  3. *************************************************
  4.  
  5. Carbonic anhydrases (EC 4.2.1.1) (CA) [1,2,3,4] are zinc  metalloenzymes which
  6. catalyze the reversible  hydration  of  carbon dioxide.   Eight  enzymatic and
  7. evolutionary  related forms of carbonic anhydrase are currently known to exist
  8. in vertebrates:  three  cytosolic  isozymes  (CA-I,  CA-II  and  CA-III);  two
  9. membrane-bound forms  (CA-IV  and  CA-VII);  a  mitochondrial  form  (CA-V); a
  10. secreted salivary form (CA-VI); and a yet uncharacterized isozyme [5].
  11.  
  12. In the  alga  Chlamydomonas  reinhardtii,  two CA isozymes have been sequenced
  13. [6]. They  are  periplasmic  glycoproteins  evolutionary related to vertebrate
  14. CAs.
  15.  
  16. CAs contain  a single  zinc  atom bound to three conserved histidine residues.
  17. As a  signature  for  CAs  we used a pattern which includes one of these zinc-
  18. binding histidines.
  19.  
  20. Protein D8 from Vaccinia and  other poxviruses  is related to CAs but has lost
  21. two of  the  zinc-binding  histidines  as  well  as  many  otherwise conserved
  22. residues. This  is  also  true  of  the  N-terminal  extracellular  domain  of
  23. tyrosine-protein phosphatase RPTP gamma and zeta [7].
  24.  
  25. -Consensus pattern: S-E-H-x-[LIVM]-x(4)-[FYH]-x(2)-E-[LIVM]-H-[LIVMFA](2)
  26.                     [The second H is a zinc ligand]
  27. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL   active
  28.  CAs.
  29. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  30.  
  31. -Note: prokaryotic and plant chloroplast CA's belong to another,  evolutionary
  32.  distinct family of proteins (see the relevant section).
  33.  
  34. -Last update: June 1994 / Text revised.
  35.  
  36. [ 1] Deutsch H.F.
  37.      Int. J. Biochem. 19:101-113(1987).
  38. [ 2] Fernley R.T.
  39.      Trends Biochem. Sci. 13:356-359(1988).
  40. [ 3] Tashian R.E.
  41.      BioEssays 10:186-192(1989).
  42. [ 4] Edwards Y.
  43.      Biochem. Soc. Trans. 18:171-175(1990).
  44. [ 5] Skaggs L.A., Bergenhem N.C.H., Venta P.J., Tashian R.E.
  45.      Gene 126:291-292(1993).
  46. [ 6] Fujiwara S., Fukuzawa H., Tachiki A., Miyachi S.
  47.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87:9779-9783(1990).
  48. [ 7] Barnea G., Silvennoinen O., Shaanan B., Honegger A.M., Canoll P.D.,
  49.      D'Eustachio P., Morse B., Levy J.B., Laforgia S., Huebner K.,
  50.      Musacchio J., Sap J., Schlessinger J.
  51.      Mol. Cell. Biol. 13:1497-1506(1993).
  52.